Stojanovo gymnázium se nachází v budově bývalého velehradského kláštera, který byl v předchozích letech nově rekonstruován. Veškerá výuka tak (s výjimkou TV) probíhá v historických interiérech. Výuka tělesné výchovy je realizována ve spolupráci se ZŠ Velehrad ve zdejší tělocvičně.
Škola disponuje dostatečným počtem učeben (celkem 8 kmenových tříd a další 2 učebny, které se dají využít pro menší skupiny). Čtyři z učeben jsou vybaveny multimediální technikou (audio,video, DVD, dataprojektor a interaktivní tabule). Dále má k dispozici odborné učebny pro výuku přírodovědných předmětů (chemie, biologie, fyziky), pro výuku estetických výchov (hudební a výtvarné), dvě jazykové učebny a učebnu pro výuku informatiky. Součástí školy je i kaple a relaxační místnost - školní klub. Pro potřeby školy zejména pro besedy a slavnostní akce slouží také Slovanský sál.
Škola má k dispozici vlastní školní kuchyň s jídelnou. V rámci výdeje stravy je schopná zajistit výdej snídaní, obědů, večeří.
Součástí výchovného působení školy je začlenění osobnostního rozvoje. Jeho akce jsou rozplánovány po celou dobu studia, zejména pak v prvním až třetím ročníku. Jeho cílem je pomocí formačních setkání umožnit sebepoznání a na základě tohoto sebepoznání utvářet svůj vztah k sobě, k ostatním lidem a světu u věřících žáků i vztah k Bohu. Během školního roku žáci absolvují většinou třídenní pobyt mimo školu, kde se aktivně zapojují do připravených aktivit, které sledují i budování sociálně zdravých vztahů ve skupině. Formou vhodně zvolených her se zde posiluje vědomí odpovědnosti nejen za sebe, ale také za ostatní. Snažíme se vést žáky k uvědomění si sebe sama a svých možností a od tohoto odvíjet svůj další rozvoj, uvědomění si v čem může být prospěšný celku. Další důraz je kladen na vzájemnou kooperaci a pomoc druhému. V rámci tohoto osobnostního rozvoje se realizují tematické okruhy Poznávání a rozvoj vlastní osobnosti, Sociální komunikace, Spolupráce a soutěž průřezového tématu Osobnostní a sociální výchova. Těchto pobytů se účastní i třídní učitelé, kteří tak mají možnost poznat žáky i jinak, než ze školních lavic, a s ohledem na získané poznatky volit adekvátní postupy v přístupu k nim při další práci s nimi během školního roku.
Takto budované přátelského ovzduší považujeme za nutné jak pro prevenci sociálně patologických jevů, tak pro studium na naší škole.
